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2006年9月12日，教宗发表演讲时指，伊斯兰教先知穆罕默德的部份教导是“邪恶与不人道”，他下令以利剑传播教义，带来邪恶。教宗的讲话被普遍的穆斯林指为对伊斯兰教的抵毁和冒犯“伊斯兰教以暴力传道”的论调引起全球穆斯林强烈反响，多处地方有示威抗议，其中加沙有五千人示威；哈马斯高层强烈不满，认为是另一次十字军战争；巴基斯坦就通过决议，谴责教宗；伊斯坦堡有示威抗议，土耳其表示将取消教宗的访问；摩洛哥宣布，召回驻梵蒂冈的大使，以了解教宗本笃十六世对回教的言论。
教宗这番话是来自15世纪拜占庭帝国皇帝曼努埃尔二世（1350－1425年）曾说过的话。曼努埃尔二世曾在1373年被送往鄂图曼帝国当人质，直到他的父亲过世，他才逃回国内继位，最后还是不敌鄂图曼的侵吞野心，在他去世的前一年，与鄂图曼帝国签下合约并赔款。也因如此，使得曼努埃尔二世特别憎恨穆斯林。这个让曼努埃尔憎恨的鄂图曼帝国，为了扩张领域，经常攻打东罗马帝国。后来帖木儿帝国在中亚堀起，攻打鄂图曼，鄂图曼帝国大败，而帖木儿则尊重鄂图曼苏丹是勇士，故不攻灭鄂图曼帝国。经此一役后鄂图曼国力减退，直到穆罕默德二世（1432－1481年）继位，国力再度强
本笃十六世
盛，他在1453年攻陷君士坦丁堡，从而彻底灭亡延续了千馀年的东罗马帝国，也让鄂图曼土耳其帝国横跨欧亚。
穆罕默德二世是历史上是最尚武好战的苏丹，他在位的30年间，远征26次，当拜占庭被他灭亡后，他将首都迁至君士坦丁堡。不过这位曼努埃尔口中的“邪恶不人道”者，却相当宽容地保留东正教教会，并且把部分基督教文献翻译成土耳其语，也给自己罗马皇帝的称号。
本笃十六世
2006年9月16日，教宗本笃十六世发表声明，对他较早时的言论令伊斯兰教徒感到受伤害，表达抱歉。 教宗表示，他尊重伊斯兰教的信仰，并希望大家能明白他发言的真意。教廷解释说，教宗无意冒犯伊斯兰教，德国总理默克尔表示，教宗的言论被人误解，他只是谴责以宗教名义发动暴力活动。
教宗本笃十六世对其言论之冒犯表示歉疚。教廷国务卿贝尔托内枢机在一份声明中表示：“教宗对其言论之部份内容令伊斯兰教徒觉得被冒犯感到非常遗憾”。CNN认为教廷这份声明不属于正式道歉。
