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汉建安元年（196年）置侯官县，属会稽郡南部都尉。晋太康三年（282年）侯官析置原丰、温麻县，三县同属晋安郡。南朝梁天监中年间（502~519年）侯官、原丰合并为东侯官。隋开皇九年（589年）复名原丰。十二年（592年）改名闽县，属建安郡。唐武德六年（623年）闽县析置侯官、长溪、新宁（长乐）、温麻（连江）县。贞观五年（631年）侯官又并入闽县。武周长安二年（702年）复置侯官县。永泰二年（766年）划侯官西部地置永泰县。贞元元年（785年）划北部地置梅溪场（后为闽清县）。元和三年（808年）侯官并入福唐县，元和五年（810年）复置侯官县，闽县和侯官县同属福州。五代晋天福六年（941年）改闽县为长乐县，翌年又恢复原名，时属长乐府。宋太平兴国六年（981年）闽县析置怀安县，侯官、闽县、怀安三县同属福州。元属福州路。明万历八年（1580年）怀安县并入侯官县，自此闽县、侯官两县并立，同属福州府。
民国元年（1912年）府废，翌年两县合并，各取首字定名为闽侯县。1913年闽县、侯官县并为闽侯县，属东路道（闽海道）。民国31年（1942年），析县治部分区域设福州市政筹备处，从此县市分治。1944年改名林森县。
1949年8月16日解放，1950年复名闽侯县，属闽侯专区。1956年3月直属省辖，8月改属福州市（或说，1958年属福州市）。1959年复属闽侯专区。1971年划属莆田地区（闽侯专区改称莆田地区）。1973年归福州市。
县治先后设于福州西涧、义序、尚干、螺洲，1970年县人民政府驻地由螺洲镇迁至甘蔗镇。
闽侯原闽县部分宋时分为12都，元、明两代分为凤池西、凤池东、晋安东、晋安西、高盖南、高盖北、崇善东、崇善西、开化东、开化西、赞贤、安仁12都，清代仍沿其旧；侯官县部分宋、元、明、清均为桂枝、东孝悌、西孝悌、胜业、修仁、永安、东太平、西太平、石门、五芝10乡；怀安县部分宋时分为感应、崇业、灵山、八座、承平、移风、积德、侯官、同乐东、同乐西10乡，元代仍沿其旧。民国24年并为鼓山、南港、凤山、大湖4区。民国34年区署撤销，辖27个乡（镇）。
1949年划为开闽、马江、闽亭、扈屿、尚干、南港、南屿、侯官8镇和松鼓、双岳、平远、西豹、净屏、金山、凤冈、小南、穆源、桐口、九凤、关源、甘蔗、白沙、洋箬、大湖、双大、双湖、义序、螺洲、四维、城门、永胪、嘉登、凤港、江滨、竹岐、东汶、大北、小北、江南、江北33乡。1955年4月，义序、吴山、盘屿、阳岐4乡划归福州市。1956年划为城门、马尾、南屿、白沙、尚干、雪峰、石牌7个区。
1958年实行人民公社化，划为18个人民公社。1960年，马尾公社划归福州市。1961年亭江、琅岐、北峰、建新4个公社划归福州市。1970年城门公社划归福州市。1983年划为14个人民公社1个镇。
1984年实行政社分开，各公社分别改为乡（镇），共设4个镇11个乡，后又增设小箬乡，并陆续将5个乡改镇。
2000年，闽江乡划出公婆、胜利、建星、闽亭、建亭5村归马尾区。闽侯县辖甘蔗、白沙、荆溪、上街、南屿、南通、祥谦、尚干、青口9个镇，廷坪、洋里、小箬、大湖、鸿尾、竹岐、闽江7个乡，设7个居委会、311个村委会。面积2136平方千米，人口61.95万人。 根据第五次人口普查数据：总人口580048人，其中：甘蔗镇 47798人、白沙镇 32106人、南屿镇 50045人、尚干镇 17909人、祥谦镇 52834人、青口镇 68873人、南通镇 42319人、上街镇 62393人、荆溪镇 47494人、竹岐乡 27600人、鸿尾乡 31696人、洋里乡 25943人、大湖乡 29102人、廷坪乡 28661人、闽江乡 3893人、小箬乡 8560人、江洋农场虚拟乡 2822人。
2003年，闽侯县辖9个镇、7个乡：甘蔗镇、白沙镇、南屿镇、尚干镇、祥谦镇、青口镇、南通镇、上街镇、荆溪镇、竹岐乡、鸿尾乡、洋里乡、大湖乡、廷坪乡、闽江乡、小箬乡。
2004年，全县辖9镇7乡，323个村（居），总人口61.5万。
2005年2月5日，福建省人民政府（闽政文[2005]36号）批复同意：闽侯县撤销闽江乡，现有闽江乡并入祥谦镇。合并后的祥谦镇辖泮洋、兰圃、枕峰、凤港、
