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幽门螺杆菌与消化性溃疡的形成与复发密切相关，所以对X线或胃镜检查诊断明确的十二指肠溃疡或胃溃疡患者，首先要区分幽门螺杆菌感染阳性抑或阴性。
如果阳性，应给制酸剂（奥美拉唑）同时加抗菌（诸如阿莫西林这些消炎药）治疗，或给粘膜防护剂（胃得安）加抗菌药物。制酸剂在十二指肠溃疡疗程为4～6周，在胃溃疡疗程适当延长至8～12周，应按溃疡愈合与否为准绳。制酸剂也可用粘膜防护剂来替代。
抗菌药物应联合用药，小剂量短疗程以减少耐药的发生及副作用。对幽门螺杆菌阴性的患者，按常规治疗，疗程可按溃疡的愈合情况适当缩短或延长。
至于是否应服维持量长期治疗，应视复发的情况来决定，反复发作者应长期给服维持量，疗程至少1年，也可更长。制酸剂和粘膜防护剂可较长时间使用。
